硫酸软骨素作为保健的食品或药品，可以长期用于防治冠心病、心绞痛、心肌梗死、冠状动脉粥样硬化、心肌缺血等疾病，可以降低冠心病的发病率和死亡率，长期的临床应用发现，在动脉和静脉壁上沉积的脂肪等脂质可以有效地被去除或者减少，使用药物之后能够降低血浆的胆固醇，从而防止动脉粥样硬化的形成。
除此之外，硫酸软骨素也可以用于治疗神经痛、神经性偏头痛、关节痛、关节炎，以及肩胛关节痛，还可以用于腹腔手术后的疼痛。硫酸软骨素还可以用于治疗和预防链霉素所引起的听觉障碍，以及各种噪音所引起的听觉困难、耳鸣等，对慢性肾炎、慢性肝炎、角膜炎，以及角膜溃疡也有一定的辅助治疗的作用。近年来报道，也有一定的辅助抗肿瘤的作用。总之，硫酸软骨素具有多种药理作用，主要是作为一个保健食品或者保健药品使用。
